הטיפול במפעלים נעשה בשלושה שלבים, שני השלבים הראשונים הם שלבי מניעה והשלישי שלב אכיפה:

שלב 1: בשלב זה ניתן אישור להקים מפעל חדש. האיגוד שותף בוועדות אכלוס של הרשויות המקומית. ובנוסף מקבל את תוכניות המפעל בשלב היתר הבניה.
שלב 2: בשלב זה נקבעים התנאים הסביבתיים לרישוי העסק.
שלב 3: בשלב זה יש פיקוח על המפעל ואוכפים את תנאי ההפעלה שלו.

ניתן  להקים ולהפעיל מפעלי תעשייה ללא מטרדים ונזקים סביבתיים. מפעלים שבהם יש חשש  מבעיות סביבתיות פוטנציאליות מחויבים להגיש מסמך סביבתי, הכולל את אופי הפעילות, תוצרי המפעל, תוצרי הלוואי ואופי הטיפול במזהמים. האיגוד אינו ממליץ להקים באזורי תעשייה מפעלים אשר עלולים לגרום לפגיעה בסביבה (שפכים, תעשיתים, זיהום אויר, זיהום קרקע ועוד)  ללא תשתית מתאימה ומתן פתרון הולם לטיפול במפגעים אלו.
התנאים הסביבתיים שניתנים ברישיון העסק מתייחסים לחוק רישוי עסקים, לחוקים הסביבתיים ולחוקי העזר של האיגוד: "דין וחשבון", "מחצבות", "פיקוח על חומרים מסוכנים", "הזרמת שפכי תעשייה למערכת ביוב" ועוד.
לאחר שמפעל קיבל תנאים לרישיון העסק, תפקיד האיגוד לפקח שהתנאים הסביבתיים מולאו, לאכוף אותם ולנטר את המפעל בשיתוף המשרד להגנת הסביבה והרשות המקומית.
עמדת האיגוד באשר לתעשייה באזור היא על פי הכלל: "המזהם - ישלם". תכנון נאות, עמידה בתנאים סביבתיים, רישוי ואכיפה – בעזרת תנאים אלו אפשר למנוע מטרדים סביבתיים מהמפעלים.
מניסיוננו, הצגת דרישות ברמה מקצועית וברורה מסייעת גם ליזם וגם לאיגוד.

תעשייה בתחום האיגוד

באיגוד פועלים מעל ל-300 מפעלים ב-8 אזורי תעשיה מרחבים: אריאל מערב, ברקן, שח"ק, מעלה אפרים, שער בנימין, מבוא חורון , שילה ובראון. ברחבי הישובים השונים קיימים אזורי תעשיה קטנים ואזורי מלאכה.