התכנון הסביבתי מטמיע תפיסות סביבתיות במדיניות הממשלה וברשויות המקומיות. הוא מכיל ראייה כוללנית ורב־תחומית, המתבטאת במערכת תכנון שימושי הקרקע בוועדות התכנון והבנייה ברמות השונות.
מטרת הפעילות של האיגוד למנוע מפגעים סביבתיים כבר בשלב התכנון ולהטמיע בתוכניות התשתית והבנייה את ערכי הקיימות. תכנון נכון מאפשר למצוא פתרונות למפגעים צפויים או למנוע אותם מראש, וכך גם למנוע את המטרדים והטיפול היקר בהם לאחר ביצוע התוכנית.

האיגוד פועל בתחום התכנון ברמה הארצית, המחוזית והמקומית

ברמה הארצית: הוא עובד עם אגף התכנון ועם אגפים נוספים של המשרד להגנת הסביבה, קובע מדיניות ומנסח הנחיות לפרויקטים חדשים ו/או לכאלה שאינם מוכרים.
ברמה המחוזית: הוא עובד עם מחוזות ירושלים והמרכז של המשרד להגנת הסביבה ועם קצין המטה (קמ"ט) לאיכות הסביבה במנהל האזרחי שבאזור יהודה ושומרון.
ברמה המקומית: הוא עובד עם מחלקות ההנדסה של הרשויות המקומיות, מעיר את הערותיו באשר לתוכניות המקומיות, להיתרי הבנייה ונותן הנחיות למתכננים בנושאים סביבתיים.
מנהלת מחלקת התכנון ו/או מנכ"ל האיגוד יושבים כמשקיפים במועצת התכנון העליונה (מת"ע) ובוועדותיה. ועדות המשנה הן: ועדת משנה לאיכות הסביבה, ועדת משנה לכרייה וחציבה, ועדת משנה לדרכים וועדת המשנה להתיישבות.
נציגי האיגוד מייצגים את האינטרסים הסביבתיים בכל תחום השומרון ובוחנים את התוכניות המוצגות והתקנונים שלהן. נציגי האיגוד מביעים בפני הוועדה את דעתם וממליצים את המלצותיהם המקצועיות.

מניעת מפגעים סביבתיים בשלב התכנון

האיגוד בשיתוף קמ"ט איכות הסביבה בודק את תסקירי השפעה על הסביבה לתוכניות שהוגשו לוועדות התכנון המקומיות, כמו כן הוא מסייע לקמ"ט איכות הסביבה לגבש הנחיות באשר לתוכניות שהוגשו למועצת התכנון העליונה.
מתכננת האיגוד בודקת את התסקירים ומסקנותיהם ומציינת בהם את הערותיה. התסקיר נהפך לחלק מהתוכנית, המלצותיו מצורפות לתקנון התוכנית, ולאחר מכן הן מצורפות גם להיתר הבנייה.
האיגוד נותן הנחיות סביבתיות לתוכניות אב, לתוכניות מתאר ולתוכניות מפורטות, שבהם נבדקים ההיבטים הסביבתיים בבקשות להיתר בנייה של תוכניות מיוחדות, כמו בתי חולים, מפעלים, מבני ציבור ומוסדות חינוך. ההנחיות נכנסות כתנאי להיתר הבנייה ולרישיון העסק.
ביישובים שבהם חלה חובת פרט ראדון, האיגוד מאשר את התוכניות והאמצעים שיש לנקוט כדי למנוע שפיעה של גז ראדון בבתי מגורים ובמבנים ציבוריים. האישור הוא תנאי לקבלת היתר בנייה והיתר אכלוס (טופס 4). קישור למידע אודות טיפול בגז ראדון