מפעלי תעשיה חשובים לפיתוח הכלכלה ומייצרים מוצרים רבים לתחומים השונים. יחד עם זאת תהליכי היצור בתעשיות השונות יכולים לפגוע באיכות הסביבה. האיגוד פועל כדי למנוע ולהפחית את ההשלכות הסביבתיות מהמפעלים שברשויות האיגוד בתחומים האלה: שפכים תעשייתיים, זיהום אוויר, פסולת תעשייתית, רעש בלתי סביר ואירועי חומרים מסוכנים (חומ"ס).
הטיפול נעשה הן ברמת רישוי העסקים של המפעלים והעסקים שבאזור והן בביקורות המתבצעות במהלך הפעילויות השוטפות של האיגוד.